チーム紹介
出場チーム 20チーム
・9地域より各1チーム：「北海道」「東北」「関東」「北信越」「東海」「関西」「中国」「四国」「九州」
・前年度の当該年齢のフットサル個人登録数の多い地域6チーム：「北海道」「東北」「関東」「東海」「関西」「九州」
・前回優勝地域より1チーム：第11回大会優勝：「関東」
・前年度の予選参加チーム数最多地域1チーム：「関東」
| 北海道[2] | D.C Asahikawa Futsal Club | 北海道大会 優勝 |
|---|---|---|
| arusa | 北海道大会準優勝 | |
| 東北[2] | DEAR BOYS （宮城県） | 東北大会 優勝 |
| AMV FUTSAL （岩手県） | 東北大会 準優勝 | |
| 関東[4] | PREDATOR URAYASU FUTSAL CLUB （千葉県） | 関東大会 優勝 |
| 府中アスレティックFC （東京都） | 関東大会 準優勝 | |
| GINZA de FUTSAL BOTSWANA FC MEGURO （東京都） | 関東大会 3位 | |
| FIRE FOX （東京都） | 関東大会 4位 | |
| 北信越[1] | 大原学園JaSRA フットサルクラブ （長野県） | 北信越大会 優勝 |
| 東海[2] | 大洋薬品/BANFF （愛知県） | 東海大会 優勝 |
| Praia Grande （静岡県） | 東海大会 準優勝 | |
| 関西[2] | MAG'S FC （大阪府） | 関西大会 Aグループ1位 |
| JOY FC （滋賀県） | 関西大会 Bグループ1位 | |
| 中国[1] | Junjies （山口県） | 中国大会 優勝 |
| 四国[1] | STANDARD7 （徳島県） | 四国大会 優勝 |
| 九州[2] | ESPERANC （大分県） | 九州大会 優勝 |
| レキオスFC （沖縄県） | 九州大会 準優勝 |
・全日本大学フットサル大会2006(東日本・西日本)優勝チーム：各1チーム
| 東日本 | 明治大学 体育会サッカー部 （東京都） | 東日本大会 優勝 |
|---|---|---|
| 西日本 | 神戸大学 フットサル部FORCA （兵庫県） | 西日本大会 優勝 |
・日本フットサル施設連盟選手権大会優勝チーム：1チーム
| YAMANOYA CASA DA SOGRA FUTSAL （東京都） | 連盟大会 優勝 |
